Desa Tunggur  berasal dari kata bahasa Jawa yaitu Tunggur. Dalam kamus bahasa Jawa Bausastra: Jarwa Kawi, Padmasusastra (1903) kata tunggur sendiri diartikan sama dengan kata geneng, tengger, dan gili yang memiliki arti  dhuwur padunungane tmr. palêmahan; lêdhok (lêgok) [x]: mêndhak mêndhukul tmr. palêmahan; [x]-an: punthuk, gumuk, lêmah sing dhuwur (Poerwadarminta, 1939). Hal ini dapat dilihat kesesuaiannya dengan kondisi geografi Desa Tunggur yang memiliki kontur tanah yang berbukit-bukit atau tidak rata ditambah lagi berada di lereng kaki  Gunung Braja. 

Versi kedua dikatakan bahwa penamaan desa Tunggur berasal dari penggabungan dua kata  yaitu watu nganggur atau memiliki maksud adanya banyak batu yang menganggur (tidak digunakan) sehingga dinamakan desa Tunggur. Terdapat versi lain yang mengatakan bahwa desa Tunggur berasal dari kata bahasa Jawa yaitu untung yang berarti nasib yang  baik dan gugur yang berarti gugur dalam perjuangan. Hal ini berkaitan dengan nenek moyang terdahulu yang  telah melawan penjajah untuk mengusahakan kemerdekaan Indoenesia dan berjuang gigih untuk babat alas mendirikan Desa Tunggur dengan bertaruh nyawa antara untung dan gugur. (Sumber : Buku RPJM Desa Tunggur 2020-2025)

Foto peta Ogenomen door den Topografischen dienst in 1920-1922, Bald XLII a. (Alg. No. XLII-50 a)

Foto peta Opgenomen door den Topografischen dienst in 1919-1920 Blad XLII e.

Sumber : Buku RPJM Desa Tunggur 2020-2025

Menurut peta koleksi digital Perpustakaan Leiden Belanda di atas dapat dilihat bahwa dahulunya sekitar tahun 1919an sebelum bergabung menjadi Desa Tunggur awalnya terdapat beberapa pedukuhan yaitu Dukuh Gejuron, Dukuh Senayu, Dukuh Tempel, Dukuh Tamansari, Dukuh Tunggur, Dukuh Mendi, Dukuh Jatipelok, Dukuh Dondong, dan Dukuh Pondok. Berjalannya waktu, sekarang dusun-dusun yang terdapat di Desa Tunggur adalah Dusun Juron (membawahi Dukuh Juron dan Dukuh Tamansari), Dusun Tunggur (membawahi Dukuh Tunggur, Dukuh Mendi, Dukuh Jatipelok, dan Dukuh Pondok), Dusun Senayu (membawahi Dukuh Senayu dan Dukuh Dondong), Dusun Keringan (membawahi Dukuh Tempel). Sejak pemerintahan Desa Tunggur terbentuk sampai saat ini  telah mengalami beberapa kali pergantian pemimpin,. Pemimpin yang pertama adalah Raden Marto Wasono.  Beliau menjadi Lurah Desa Tunggur menjabat sejak tahun 1938-1958, berikut daftar pergantian pemimpin di Desa Tunggur:

1. Lurah Raden Martowasono (1938-1958) - Carik Sastro Witono (1938-1958)
2. Kepala Desa Sastro Witono (1958-1980) - Carik Mitro Diyono (1958-1965)
3. Kepala Desa Sastro Witono (1981-1988) - Carik Sono Wiryono (1966-1994)
4. Kepala Desa YB. Supardi (1989-1997) - Carik Wakimin (1994-2018)
5. Kepala Desa Diko (1998-2006) - Sekretaris Desa Wakimin (1994-2018)
6. Kepala Desa Titik Sri Suyatni (2007-2013) - Sekretaris Desa Wakimin (1994-2018)
7. Kepala Desa Titik Sri Suyatni  (2013-2018) - Sekretaris Desa Wakimin (1994-2018)
8. Penjabat Kepala Desa Wakimin (2019) - Pelaksana Tugas Harian Sekretaris Desa Surono (2019)
9. Kepala Desa Sriyanto (2019-sekarang) - Sekretaris Desa Surono (2020-sekarang)

Inilah sedikit sejarah mengenai Desa Tunggur. Sejarah desa ini didapatkan dari para mancakaki (sesepuh) Desa Tunggur. Besar harapannya sejarah desa ini dapat digunakan untuk menambah wawasan dan kecintaan warga masyarakat terhadap Desa Tunggur.